در باره مسجد مقدس جمكران ماجرای معروفی نقل شده كه متذكر می شویم.
بر طبق نقل مشهور، شخصی به نام شیخ "حسن بن مثله جمكرانی" می گوید: من شب سه شنبه، 17 ماه مبارك رمضان سال 373 هجرى قمرى در خانه خود خوابیده بودم كه ناگاه جماعتى از مردم به در خانه من آمدند و مرا از خواب بیدار كردند و گفتند: برخیز و .....

 مولاى خود حضرت مهدى علیه السلام را اجابت كن كه تو را طلب نموده است•
آنها مرا به محلى كه اكنون مسجد جمكران است آوردند، چون نیك نگاه كردم، تختى دیدم كه فرشى نیكو بر آن تخت گسترده شده و جوانى سى ساله بر آن تخت، تكیه بر بالش كرده و پیرمردى هم نزد او نشسته است، آن پیر، حضرت خضر علیه السلام بود كه مرا امر به نشستن نمود، حضرت مهدى علیه السلام مرا به نام خودم خواندند و فرمودند: "برو به حسن مسلم (كه در این زمین كشاورزى می كند) بگو: این زمین شریفى است و حق تعالى آن را از زمین هاى دیگر برگزیده است، و دیگر نباید در آن كشاورزى كند. "
عرض كردم: یا سیدى و مولاى! لازم است كه من دلیل و نشانه اى داشته باشم و گرنه مردم حرف مرا قبول نمی كنند، آقا فرمودند: "تو برو و آن رسالت را انجام بده، ما نشانه هایى براى آن قرار می دهیم، و همچنین نزد سید ابوالحسن (یكى از علماى قم ) برو و به او بگو: حسن مسلم را احضار كند و سود چند ساله را كه از زمین به دست آورده است، وصول كند و با آن پول در این زمین مسجدى بنا نماید ...".
چون به راه افتادم، چند قدمى هنوز نرفته بودم كه دوباره مرا باز خواندند و فرمودند: "بزى در گله جعفر كاشانى است، آنرا خریدارى كن و بدین مكان آور و آنرا بكش و بین بیماران انفاق كن، هر بیمار و مریضى كه از گوشت آن بخورد، حق تعالى او را شفا دهد".
حسن بن مثله جمكرانى مىگوید: من به خانه بازگشتم و تمام شب را در اند یشه بودم، تا اینكه نماز صبح را خوانده و به سراغ على المنذر رفتم و ماجراى شب گذشته را براى او نقل كردم و با او به همان مكان شب گذشته رفتیم، و در آنجا زنجیرهایى را دیدیم كه طبق فرموده امام علیه السلام حدود بناى مسجد را نشان می داد.
سپس به قم نزد سید ابوالحسن رضا رفتیم و چون به در خانه او رسیدیم، خادم او گفت: آیا تو از جمكران هستى؟ به او گفتم: بلى! خادم گفت: سید از سحر در انتظار تو است. آنگاه به درون خانه رفتیم و سید مرا گرامى داشت و گفت: اى حسن بن مثله من در خواب بودم كه شخصى به من گفت: حسن بن مثله، از جمكران نزد تو می آید، هر چه او گوید، تصدیق كن و به قول او اعتماد نما، كه سخن او سخن ماست و قول او را رد نكن.
از هنگام بیدار شدن تا این ساعت منتظر تو بودم، آنگاه من ماجراى شب گذشته را براى وى تعریف كردم، سید بلافاصله فرمود تا اسب ها را زین نهادند و بیرون آوردند و سوار شدیم، چون به نزدیك روستاى جمكران رسید یم، گله جعفر كاشانی را دیدیم، آن بز از پس همه گوسفندان می آمد، چون به میان گله رفتم، همینكه بز مرا دید به طرف من دوید، جعفر سوگند یاد كرد كه این بز در گله من نبوده و تاكنون آنرا ندیده بودم، به هر حال آن بز را به محل مسجد آورده و آن را ذبح كرده و هر بیمارى كه گوشت آن تناول كرد، با عنایت خداوند تبارك و تعالى و حضرت بقیه الله ارواحنا فداه شفا یافت.

ابو الحسن رضا، حسن مسلم را احضار كرده و منافع زمین را از او گرفت و مسجد جمكران را بنا كرد و آن را با چوب پوشانید.
سپس زنجیرها و میخ ها را با خود به قم برد و در خانه خود گذاشت، هر بیمار و دردمندى كه خود را به آن زنجیرها می مالید، خداى تعالى او را شفاى عاجل می فرمود، پس از فوت سید ابوالحسن، آن زنجیرها ناپدید شد و دیگر كسى آنها را ندید. (تلخیص از كتاب نجم الثاقب، ص 383 تا 388)
در مورد هدف از بنای این مكان، مطلب قابل اعتمادی در منابع معتبر ذكر نشده است. ضمنا در فضیلت این بنای مقدس نیز شاید همین بس باشد كه این مسجد تنها مسجدی است كه به امر مبارك حضرت صاحب الزمان(عج) بنا گردیده و از طرفی توصیه به خواندن نماز در آن شده است.
علمای ربانی و عرفای بالله در این مسجد كراماتی دیده اند و احیانا توفیقاتی یافته اند كه در فضیلت آن همین نكته بس است. توجه سیل خروشان مشتاقان مردم و منتظران آن حضرت صلوات الله علیه نیز خود نشان فضیلت این مسجد مقدس است.
پیروز باشید.